Un aspetto fondamentale della vita monastica è quello liturgico, legato anche alla musica e al canto. Il convento aveva un rapporto privilegiato con il Pio Ospedale degli Esposti di Bologna, da dove provenivano le organiste che si monacavano per svolgere tale attività.

A S. Maria Maddalena è presente un ricco fondo musicale, comprendente sia copie di opere famose, come ad esempio lo Stabat Mater di Giovanni Battista Pergolesi, sia composizioni appositamente create per la comunità monastica, oltre a spartiti provenienti dai conventi del Buon Gesù di Ostra e da quello di San Domenico a Belvedere Ostrense.